In 1945 werd het 18e eeuwse orgel tijdens brand verwoest. Het huidige orgel is in 1864 door N.A.G. Lohman gebouwd, voor de Doopsgezinde kerk te Noordbroek. Na sluiting van deze kerk werd het orgel een tijdje opgeslagen in Nieuwolda, om vervolgens in 2008 na een restauratie door Mense Ruiter, in de kerk van Termunten te worden geplaatst. Het orgel heeft één manuaal met zes stemmen en een aangehangen pedaal.